PyDESeq2
v0.2.1
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Index
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__init__() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
(pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats method)
_rough_dispersions (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
B
base_mean (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
build_design_matrix() (in module pydeseq2.utils)
C
calculate_cooks() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
contrast_idx (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
cooks (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
counts_to_refit (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
D
deseq2() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
deseq2_norm() (in module pydeseq2.preprocessing)
DeseqDataSet (class in pydeseq2.DeseqDataSet)
DeseqStats (class in pydeseq2.DeseqStats)
design_matrix (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
(pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
dispersion_trend() (in module pydeseq2.utils)
dispersions (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
dnb_nll() (in module pydeseq2.utils)
F
fit_alpha_mle() (in module pydeseq2.utils)
fit_dispersion_prior() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fit_dispersion_trend() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fit_genewise_dispersions() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fit_LFC() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fit_lin_mu() (in module pydeseq2.utils)
fit_MAP_dispersions() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fit_moments_dispersions() (in module pydeseq2.utils)
fit_rough_dispersions() (in module pydeseq2.utils)
fit_size_factors() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
fitted_dispersions (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
G
genewise_dispersions (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
get_num_processes() (in module pydeseq2.utils)
grid_fit_alpha() (in module pydeseq2.grid_search)
grid_fit_beta() (in module pydeseq2.grid_search)
grid_fit_shrink_beta() (in module pydeseq2.grid_search)
I
irls_solver() (in module pydeseq2.utils)
L
lfc_shrink() (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats method)
LFCs (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
(pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
load_example_data() (in module pydeseq2.utils)
M
MAP_dispersions (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
module
pydeseq2.grid_search
pydeseq2.preprocessing
pydeseq2.utils
N
n_processes (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
(pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
nb_nll() (in module pydeseq2.utils)
nbinomFn() (in module pydeseq2.utils)
nbinomGLM() (in module pydeseq2.utils)
new_all_zeroes (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
non_zero_genes (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
P
p_values (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
padj (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
prior_disp_var (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
pydeseq2.grid_search
module
pydeseq2.preprocessing
module
pydeseq2.utils
module
R
refit() (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet method)
replace_cooks (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
replaceable (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
replaced (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
results_df (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
robust_method_of_moments_disp() (in module pydeseq2.utils)
run_wald_test() (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats method)
S
SE (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
shrunk_LFCs (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
size_factors (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
statistics (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats attribute)
summary() (pydeseq2.DeseqStats.DeseqStats method)
T
test_valid_counts() (in module pydeseq2.utils)
trend_coeffs (pydeseq2.DeseqDataSet.DeseqDataSet attribute)
trimmed_cell_variance() (in module pydeseq2.utils)
trimmed_mean() (in module pydeseq2.utils)
trimmed_variance() (in module pydeseq2.utils)
V
vec_nb_nll() (in module pydeseq2.grid_search)
W
wald_test() (in module pydeseq2.utils)
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